De behandeling begint bij de ogen, daarna het voorhoofd, de hypofyse, de oren, de keel, schildklieren, borstkas met thymus en hart, maag, galblaas, lever, pancreas, zonnevlecht, dunne en dikke darm, eileiders en de blaas. Daarna draaien op de buik (indien mogelijk) en behandeling op de rug van de longen, sympatische zenuwen, nieren, milt en de prostaat.
Iedereen reageer anders op een Reiki-behandeling. De meest voorkomende ervaring bij een behandeling is rust en ontspanning, vaak samengaand met een gevoel van geborgenheid, omhuld door een fijne, prettige energie. Maar ook dat is geen regel.
Als we iemand met Reiki behandelen, leggen we onze handen licht en rustig op de verschillende zones van het lichaam van de ontvanger. Vaak voelen we al heel snel een soort stromen, een gevoel van warmte dat soms wel tot gloeien kan toenemen, in sommige gevallen ook koelheid of kou. Beiden worden vaak zowel door de ontvanger als door de behandelaar even duidelijk gevoeld. Het gebeurt ook dat de ontvanger in slaap valt. Dit heeft geen enkele invloed op de werking.
Ook kunnen oude onverwerkte belevenissen naar boven komen en emoties losmaken in de vorm van een bevrijdende lach of een traan. Deze reactie zijn van korte duur en zijn een teken dat er genezing plaats vindt. Erna voelt de ontvanger zich in de regel aanmerkelijk beter dan te voren.